א. הועידה הכללית:

הוועידה הכללית של הסתדרות המעו"ף נבחרת אחת לחמש שנים , והיא מונה 551 צירים , הנבחרים בבחירות כלליות. הועידה בוחרת את יו"ר הסתדרות המעו"ף, מאשרת את הרכב המרכז ודנה ומחליטה בכל עינייני האיגוד.

הוועידה ה - 14 התקיימה בחודש מרץ שנת 2004 והיא ייצגה כ-195,000 בעלי זכות בחירה בכ-1,100 מקומות עבודה ברחבי הארץ.


ב. מרכז הסתדרות המעו"ף:

מרכז הסתדרות המעו"ף, הנו גוף נבחר בן 101 חברים  הנבחרים מבין צירי הוועידה. כמו כן, חברים בו יו"ר הסתדרות המעו"ף, המנכ"ל ומנהלי וראשי החטיבות בהסתדרות המעו"ף, וכן מזכירי הסניפים במרחבי ההסתדרות ברחבי הארץ. 

בין תפקידי המרכז ניתן למנות את אישור הרכב המזכירות, אישור דו"ח הפעילות השנתי, וכן ביצוע תפקידים בנושאים שבהם הוסמך ע"י הוועידה הארצית. 

ג. המזכירות הארצית:

המזכירות הינה הגוף העליון של הסתדרות המעו"ף בין וועידה לוועידה. המזכירות מונה 25 נציגים, הנבחרים ע"י צירי הוועידה. בנוסף חברים בה יו"ר הסתדרות המעו"ף, המנכ"ל והמזכירים הארציים.

תפקידי המזכירות הינם, בין היתר, להטוות את המדיניות המקצועית והארגונית של הסתדרות המעו"ף ולקבל החלטות בהתאם, ולנהל את ענייני הסתדרות המעו"ף באופן שוטף.